以平行宇宙的形式重构了TV版世界观，讲述了因陨石灾难引发的末日危机与人类存亡之战。1999年，一颗巨型陨石坠入海洋导致海水蒸发、地球沙漠化，同时外星生物WORM开始肆虐。人类成立武装组织ZECT并开发假面骑士系统对抗WORM，但七年后ZECT因权力膨胀引发内部叛乱，部分成员组建NEO ZECT反抗。2006年，神秘骑士天道总司（假面骑士Kabuto）突然介入战局，揭露ZECT名为“天空之梯子计划”的阴谋——该计划企图通过轨道电梯将携带大量WORM卵的彗星引入地球，以制造水源为名实现全球统治。