剧情分为三部分交织展开：假面骑士帝骑因“骑士大战”被迫与历代骑士对决，最终被光夏海变身的假面骑士KIVA-LA击杀，其所属世界随之崩毁；风都侦探左翔太郎与菲利普的初次合作，两人调查歌手安纱美亡姐的灵异事件时，遭遇已故前所长鸣海庄吉化身的假面骑士Skull，——也是翔太郎与菲利普合体成为假面骑士双骑的起源故事；第三部分联合了平成全骑士对抗超修卡的巨型要塞。